Max-Seq
Séquenceur haut-débit de seconde génération
#Séquencage par synthèse
#Haut-débit: 2 flow cells 8 canaux
#Applications:
- ChIP-seq
- mRNA-seq
- small RNA-seq
- DNA re-sequencing
- de novo sequencing (RNA ou DNA)
- targeted DNA-seq (capture)
- Whole-Exon-seq
#Longueur de séquençage
- 35 pb
- 55 pb
- 100 pb en développement actuellement
Le séquenceur de seconde génération MAX-Seq™ est basé sur la technologie de shotgun sequencing, développée dans les années 90 par le groupe Church. Avec cette technologie, un génome est fragmenté en milliards de petits fragments chevauchants qui sont ensuite amplifiés. C’est ce qu’on appelle une librairie.
Cette librairie est séquencée et toutes les séquences sont ensuite alignées grâce à des outils informatiques
sur un génome de référence, ce qui permet d’identifier toute différence entre le génome de référence et le
génome séquencé (mutation, SNP, réarrangements, etc…)..
Le séquençage shot-gun avec le MAX-Seq™ s’effectue selon les étapes suivantes :
- Création de la librairie pour un échantillon génomique
- Séquençage de la librairie à l’aide du MAX-Seq™
- Analyse des données par mapping sur un génome de référence ou par assemblage de novo.
Préparation de banques
La première étape pour séquencer un génome avec le système MAX-Seq™ est de casser le génome en
milliards de petits fragments chevauchants.
Le MAX-Seq™ est compatible avec la production de librairies sur billes et également à la construction de
librairies sous forme de nanoballes d’ADN (DNA nanoballs).
Ces deux protocoles débutent par la cassure du génome en petits fragments aux extrémités desquels on lie
des adapteurs.
Pour la construction de librairies sur billes, chaque fragment de la librairie est amplifié individuellement sur une bille par PCR en émulsion alors que pour la librairie en nanoballe d’ADN les fragments individuels sont circularisés et amplifiés par Rolling Circle Amplification (RCA) pour générer des sphères d’ADN compactes.
Séquençage
Une fois la librairie créée, l’étape suivante est le séquençage. C’est ici que le système MAX-Seq™ montre
ses performances.
Le séquençage par synthèse est un procédé cyclique qui implique l’utilisation d’une polymérase qui
incorpore des dNTPs marqués avec un fluorophore avec un extrémité 3’ bloquée de façon réversible.
Chacun des quatre nucléotides A, C, T et G, a un marqueur fluorescent unique.
Les étapes du séquençage par synthèse sont les suivantes:
1. Hybridation de l’amorce de séquençage
2. Ajout du mélange des 4 dNTPs marqués bloqués réversiblement en 3’, polymérase et tampon
3. La polymérase va incorporer la base complémentaire dans la chaine (EXTEND)
4. Lavage de l’excédent de polymérase ainsi que des dNTPs non incorporés.
5. Lecture du fluorophore du dNTP qui a été incorporé dans chaque fragment. (MEASURE)
6. Clivage du fluorophore.
7. Clivage du groupe bloquant. (CLEAVE)
8. Répétition du process pendant le nombre de cycles désirés.
Processus
Toute la partie de préparation des librairies s’effectue dans des tubes. Les flow cell seront utilisées pour la
partie séquençage.
Procédure :
1. Après avoir chargé les librairies dans les flow cell à l’aide d’une pipette, installer une ou deux flow
cell dans le MAX-Seq™.
2. Mettre les réactifs SBS, qui sont fournis en flacons 50ml ou en bouteille 1L.
3. Programmer le logiciel en indiquant le nombre de flow cell, le nombre de canaux et le nombre de
cycles.
4. Appuyer sur “Start”.
Une fois ces étapes effectuées, le MAX-Seq™ réalisera le séquençage tout seul.
SPECIFICATIONS DU SYSTEME MAX-SEQ™
Le MAX-Seq™ est un séquenceur de seconde génération très sensible et entièrement automatisé pour le séquençage massif en parallèle.
Optique
• Caméra CCD 5 Millions Pixels
• Lampe Xénon
• Roue à filtres 6 positions (4 utilisées)
• Microscope otique à fluorescence haute qualité
• Banc de travail à déplacement magnétique (sans frottement) haute précision
Fluidique
• Fluidique optimisée pour le séquençage par synthèse SBS
• Transfert de liquide par pompe à seringue
• Capacité de deux flow cells
• Compartiments pour réactifs à température ambiante et réactifs réfrigérés
Dimensions du MAX-Seq™: 84 cm x 76cm x 76cm.
Poids : 160kg
