APPLICATIONS
Analyse des CGH Arrays
Deux logiciels pour l'analyse de vos CGH arrays.
IMAGENE CGH est un logiciel qui permet la quantification et l'analyse d'images de CGH compatible avec différentes plate-formes commerciales (Agilent, Nimblegen,..) ou home made. Le logiciel vous permet une visualisation des données analysées sous forme de tableau et également une visualisation des gains/pertes sur les chromosomes (vue d'ensemble de tous les chromosomes ou vue détaillée de chaque chromosome) tout en gardant une dynamique avec l'image qui vous permet de visualiser le spot sur la lame correspondant au point du nuage que vous aurez sélectionné sur l'image du chromosome.
NEXUS est un logiciel qui travaille en mode projet et vous permet d'importer toutes vos données de CGH de différentes plate-formes (Affymetrix , Agilent, Illumina, Nimblegen, Empire Genomics, ImaGene, GenePix, BlueFuse ou puces à façon) et d'intégrer les données provenant de différents supports. Nexus CGH permet la création d'un graphe de fréquence indiquant quel pourcentage de la population présente une aberration du nombre de copie (CNA). L'outil 'sort tool' permet de classer vos échantillon selon la présence et la taille de CNA . Vous pouvez également visualiser échantillon par échantillon le profil cytogénétique par un simple clic de souris. En indiquant dans le champ de recherche le symbole du gène désiré, Nexus va immédiatement zoomer sur la région désirée et vous montrer les échantillons et les aberrations génomiques à cet endroit. Visualisez simultanément les profils de nombre de copies pour tous les groupes d'échantillons ( différents types de tumeurs, homme/femme, malade/sain, traité/non traité...) ainsi que le profil de l'ensemble de données.
